La administración del Fondo definirá dentro de los 30 días de su designación, los criterios generales que aplicará para la administración de los fondos que se devenguen en el FFRAA. Deberá, además, confeccionar e informar periódicamente la situación referida al repago del FFRAA, indicando el saldo pendiente de pago. Sustanciado cada informe el mismo será publicado en la página WEB del MGAP. La Comisión de Contralor verificará la corrección formal y sustancial de los procedimientos y la transparencia de las actuaciones de la administración del FFRAA.
La Comisión de Contralor podrá promover, de oficio, las denuncias aduaneras o de otro tipo que correspondan, en caso de incumplimiento a lo dispuesto en la ley N° 17.663, de 11 de julio de 2003 o al presente decreto. Dicha Comisión podrá asimismo proponer las acciones correctivas que entienda necesarias para solucionar los incumplimientos planteados o que permitan evitar su reiteración.
La Comisión de Contralor podrá, en los casos en que se considere necesario, solicitar a los potenciales beneficiarios información adicional para determinar su condición de tal.