El contralor administrativo será ejercido por el Ministerio de Educación y Cultura. Dicho contralor se ejercerá tanto por razones de juridicidad como de oportunidad o conveniencia. A tal efecto, el Ministerio de Educación y Cultura podrá formularle las observaciones que crea pertinentes, así como proponer la suspensión de los actos observados y proponer los correctivos o remociones que considere del caso.
Asimismo, el Ministerio de Educación y Cultura podrá establecer mecanismos de evaluación externa de la gestión de la Agencia.