La Prefectura Nacional Naval en su rol delegado de autoridad marítima, por intermedio de sus unidades, controlará en el momento del despacho de los buques y embarcaciones de bandera nacional, que los mismos cuenten con la autorización de la Dirección General de Transporte Fluvial y Marítimo de la Dirección Nacional de Transporte del Ministerio de Transporte y Obras Públicas para el servicio que van a realizar.