El CNEE tendrá una mesa directiva conformada por representantes de cada Ministerio, los cuales deberán ser referentes del más alto nivel técnico y/o político y con poder de decisión, que, preferentemente, por sus antecedentes y experiencia estén vinculados con temas de eficiencia energética, energía y/o ambiente. La mesa directiva se reunirá al menos anualmente, para evaluar los avances del último año en la implementación del PNEE y la planificación para el año siguiente.