El Secretario tendrá como funciones principales:
A) Desarrollar todas las tareas inherentes a la administración gerencial de la Secretaría, realizando todos los actos y operaciones necesarios para dar cumplimiento a sus cometidos.
B) Elaborar los planes de actividades anuales.
C) Representar a la Secretaría en el país y en el exterior.
D) Representar a la Secretaría ante todos los organismos relacionados con la ciencia, la tecnología y la innovación, como ser la Academia Nacional de Ciencias del Uruguay, el Consejo Nacional de Innovación, Ciencia y Tecnología, universidades e institutos de investigación, entre otros.
E) Toda otra función necesaria para el cumplimiento de los cometidos de la Secretaría.