La titularidad y la administración del Fondo Uruguay Innova estará a cargo de la Agencia Nacional de Investigación e Innovación.
La definición de la asignación de los recursos del Fondo será responsabilidad del Consejo Estratégico Ministerial del Programa Uruguay Innova.
Como condición previa a la puesta en funcionamiento del Fondo, el Consejo Estratégico Ministerial del Programa Uruguay Innova deberá aprobar el Reglamento Operativo del Fondo, el que será elaborado y sometido a su consideración, conjuntamente, por la Secretaría de Ciencia y Valorización de Conocimiento y la Dirección Ejecutiva del Programa Uruguay Innova.