Son cometidos específicos del Sub Director General:
a. Dirigir y controlar todo el funcionamiento de la Dirección, apoyando al Director en tareas específicas.
b. Se hará cargo del Despacho de la Dirección en ausencia del titular.
c. Dirigir y supervisar toda la labor de los departamentos dependientes, siendo el responsable de la labor económico financiera de la Dirección.
d. De la Sub Dirección dependerán: el Departamento de Capacitación, el Departamento de Laboratorio, Precursores y Productos Químicos, el Departamento de Sanidad Animal, el Departamento de Administración y Logística, el Departamento de Mantenimiento Vehicular, y el Departamento de Recursos Humanos.
e. Presidir la Junta Calificadora del personal perteneciente a la Escala Básica.