La dirección y administración superior será ejercida por el Directorio, integrado por siete miembros, designados por el Poder Ejecutivo, cinco de ellos a propuesta de los Ministros integrantes del Gabinete Ministerial de la Innovación, los que ejercerán la Presidencia en forma rotativa, y dos a propuesta del Consejo Nacional de Innovación, Ciencia y Tecnología (CONICYT). Sus miembros deberán acreditar una trayectoria destacable en temas de ciencia, tecnología o innovación. En caso de empate, el Presidente tendrá voto doble.