El Ministerio de Defensa Nacional está integrado por los siguientes órganos:
A) De Gobierno y Administración.
1) Secretaría de Estado.
B) De Asesoramiento, Planificación y Ejecución Conjunta.
1)Junta de Comandantes en Jefe de la que dependen:
a) Estado Mayor Conjunto;
b) Servicio de información de Defensa;
c) Escuela de Seguridad y Defensa Nacional;
d) Tribunales de Honor Eventuales;
e) Comandos Conjuntos cuando se crearen,
f) Servicio General de Movilización.
C) De Ejecución.
1) Ejército Nacional.
2) Armada Nacional.
3) Fuerza Aérea Uruguaya.
D) Dependientes directamente del Ministerio de Defensa Nacional.
1) Justicia Penal Militar.
2) Tribunal Superior de Ascensos y Recursos de las Fuerzas Armadas.
3) Dirección General de los Servicios.
4) Dirección General de Aeropuertos Nacionales.
5) Servicio Nacional de Búsqueda y Salvamento.